為了抗擊北洋政府對音樂教育所采取的這種暴戾恣睢的行為,更為了維護(hù)自己一手建立起來的近代音樂教育事業(yè),楊仲子以《質(zhì)疑》為題,刊文北大“國樂改進(jìn)社”之《音樂雜志》上,向軍閥政府質(zhì)詢問難,為中國音樂教育界請命。全文從音樂的國際到國內(nèi)、歷史到現(xiàn)狀、學(xué)術(shù)到政治、文化到教育等十四個方面,闡明了在中國施行音樂教育的必要性與迫切性,并敦促當(dāng)局,對取消音樂教育負(fù)有解答之責(zé),必須“將其所有正當(dāng)之理由,一一公布于世”。文章言辭激烈,正氣浩然,是一篇維護(hù)現(xiàn)代中國音樂教育生存權(quán)益的戰(zhàn)斗檄文,體現(xiàn)了一個現(xiàn)代專業(yè)音樂教育家所應(yīng)有的崇高品質(zhì)與開拓精神。
第二年初夏,張作霖的奉系軍隊被蔣介石國民黨軍隊擊敗,退居關(guān)外。這宣告了北洋軍閥政府統(tǒng)治的結(jié)束。北平國立各校紛紛張羅復(fù)校事宜。北大音樂傳習(xí)所及藝專音樂系也恢復(fù)了舊觀。北京音樂界決定借這大好時機(jī),合并北京地區(qū)現(xiàn)有的音樂教育機(jī)構(gòu)改設(shè)音樂學(xué)院。楊仲子、劉天華和趙麗蓮三人被推舉為代表,向國民政府請愿。楊仲子參照世界各國音樂教育之先例,并斟酌國內(nèi)具體情形,詳盡地擬具了《請并北京大學(xué)音樂傳習(xí)所、藝術(shù)專門學(xué)校音樂系、女子大學(xué)音樂專科,改設(shè)國立北平音樂學(xué)院計劃書》和《擬國立北平音樂學(xué)院組織大綱草案》。在《計劃書》和《草案》中,楊仲子除闡述建院理由、設(shè)備組織經(jīng)費、院址等具體項目之外,還明確地提出了“介紹世界音樂及改革國樂,而養(yǎng)成音樂專門人才”的中西兼容的辦學(xué)宗旨。學(xué)科建設(shè)則按?坪捅究品衷O(shè)理論、鋼琴、提琴、聲樂、國樂五系,并設(shè)專攻高級音樂的選科與研究科等等。在這些音樂教育諸項方案中,他突出地將改進(jìn)國樂、設(shè)立國樂系作為辦學(xué)的重要內(nèi)容。這些措施體現(xiàn)了他對我國傳統(tǒng)民族音樂文化與西方音樂文化歷史發(fā)展的正確認(rèn)識,也同時反映了他對我國民族音樂發(fā)展的偉大構(gòu)想。在此期間,他還婉拒了南京中央大學(xué)的電請,留守北平,以實現(xiàn)建立南北兩個音樂學(xué)院的愿望。后來音樂學(xué)院雖未成立,但歷史已經(jīng)證明,他對于辦學(xué)模式的構(gòu)想是合乎我國專業(yè)音樂教育發(fā)展規(guī)律和學(xué)科建設(shè)原則的。
1937年盧溝橋事變發(fā)生,日本開始全面侵華。不久,北平淪陷。楊仲子的大名早已為日本侵略者當(dāng)局熟知,他們多次上門勸說其出來繼續(xù)辦音樂教育。好言相勸被拒絕后,日本當(dāng)局只好利誘,開出種種優(yōu)越條件任其選擇,也被其拒絕。日本侵略者當(dāng)局為此惱羞成怒,竟以刺刀相逼。是做一個亡國奴、漢奸音樂家,還是做一個愛國的保持高貴民族氣節(jié)的音樂家呢?楊仲子臨危不懼,義無反顧地選擇了后者。他一方面與日本侵略者周旋,一方面準(zhǔn)備只身秘密出走事宜。他托人賣掉心愛的鋼琴為妻子燕妮和兒子安排生活。不幾日,他購置了長衫,整理了盛著石頭和刻刀的小皮箱,喬裝成刻字匠人,由燕妮送至天津。年過半百的楊仲子,帶著一顆愛國之心,繞道香港、越南,經(jīng)云南、貴州到達(dá)戰(zhàn)時的陪都重慶,任重慶白沙國立女子師院音樂系主任兼教授。他全神貫注于音樂教育,不辭辛苦地編寫教材和教學(xué)曲目。他的心中只有音樂,即使生活條件簡陋、物資匱乏,也沒有退縮。身穿陽丹士林的長衫大褂,和廣大師生住同樣的茅草房,點同樣昏暗的桐油燈。
從北京南下,輾轉(zhuǎn)漂泊大西南,楊仲子在抗日烽火的焙煉下,藝術(shù)觀和人生觀也逐漸發(fā)生變化。他掙脫了早年為藝術(shù)而藝術(shù)的唯美主義的影響,把目光轉(zhuǎn)移到災(zāi)難之中的中國之命運。擔(dān)任國立音樂院院長期間,非常重視民族音樂的學(xué)習(xí)和社會性的藝術(shù)實踐活動。不但組織師生排演了曹禺的名劇《日出》,還走向社會舉辦音樂會,演出了《我所愛的大中華》《海韻》及應(yīng)尚能作曲的《荊軻》清唱劇等具有民主愛國思想的音樂作品。在困難的境況下,整個音樂院也辦得生機(jī)勃勃,有聲有色。